又是新的一年，灰太狼（张琳 配音）喜上加喜，和老婆红太狼（赵娜 配音）得了宝贝儿子小灰灰（梁颖 配音）。为了给至今未开羊荤的小灰灰打打牙祭，灰太狼再次踏上了前往羊村的征程。此时羊村正在举行百年庆典，但是村长慢羊羊的坐骑蜗牛突然出现异样，经验丰富的村长（高全胜 配音）马上意识到100年前的瘟疫将再次席卷青青草原。为了拯救羊村、替村长排忧解难，喜羊羊（祖丽晴 配音）他们利用缩小药水进入蜗牛的体内，而灰太狼也尾随而入。谁知他们却分别遭遇了白牛军和黑牛军，一场新的冒险由此展开……不过因为绑架世间一切之善教会主教的事情，沁兰之月王国与神圣晴空帝国的关系变的有些紧张，民间往来虽然没受太大影响，但拉娜瑟丝的身份却比较敏感，她隶属于沁兰之月王国最为隐秘的部队“月之暗影”，这是一支有别于精灵的传统，行走于黑暗之中的部队，手段也极为狠辣决绝，无论在人类还是兽人当中她拉娜瑟丝都是恐怖与危险的代表，再加上女王病重之事不能被别人得知，拉娜瑟丝只好偷偷地潜入了进来。
